Organização Doom

Com o fim da Battle City, Yugi tem agora em mãos os 3 Cards dos Deuses Egípcios, mas os seus 3 Cards são roubados por Dartz e assim Yami acaba falhando de recuperar sua memória. Dartz é o líder da organização quer reunir as almas dos duelistas mais fortes para que ele possa liberar uma força maléfica desconhecida. Mas para pegar as almas dos duelistas é necessário que em um duelo seja jogada a carta The Seal Of The Oracle Curse (Orichalcos), que faz com que depois que ela é jogada, monstros do tipo dark recebem mais 500 pontos em Attack e que assim podem serem lançados 10 monstros em campo pelo jogador ao invés de cinco, e o duelista que perder a batalha tem sua alma roubada.
Há uma historia que diz existir uma ilha chamada Holy, que contém todas as pessoas em formas de monstros, ela existia no mundo real há 10.000 anos atrás. Naquele tempo Dartz, o líder dos Doom, resolveu atacar esta ilha, cuja guerra é chamada de Holy War, no entanto três dragões legendários foram atacados e selados dentro de um castelo onde estão congelados e esperando que se libertem da escuridão.
Agora Datz está de volta e quer destruir o mundo com o poder do Oracle Curse (Orichalcos), e usando seus companheiros que o servem, sendo ele Varon, Amelda e Raphael.